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Autor(es):	Santa María, Cristóbal Raúl López, Luis Ávila, Laura Cacho Mendoza, Ariel Martínez, Pablo Witold Otaegui, Juan Carlos Soria, Marcelo Abel Santa María, Victoria
Título:	Explotación de datos del microbioma de pacientes con cáncer colorectal
Director(es):	Santa María, Cristóbal Raúl López, Luis
Descriptores y temas:	NEOPLASIAS DEL COLON HERRAMIENTAS Y METODOLOGÍAS BASADAS EN LAS TIC BIOINFORMÁTICA MINERIA DE DATOS
Editor:	Universidad Nacional de La Matanza. Departamento de Ingeniería e Investigaciones Tecnológicas
Referencia sugerida:	Santa María, C. R., López, L., Ávila, L., Cacho Mendoza, A., Martínez, P. W., Otaegui, J. C., Soria, M. A. y Santa María, V. (2020). Explotación de datos del microbioma de pacientes con cáncer colorectal (Informe C-220). Universidad Nacional de La Matanza. http://repositoriocyt.unlam.edu.ar/handle/123456789/2003
Resumen y filiaciones:	Los métodos de secuenciación de ADN permiten estudiar comunidades enteras de microorganismos tal como la que constituye el microbioma intestinal humano. Hay un creciente interés médico en este análisis pues las modificaciones que ocurren en la microbiota pueden ser responsables de la disbiosis asociada con enfermedades como el cáncer colorectal sobre el cual se focaliza este trabajo. El proceso bioinformático de las muestras desde que salen las lecturas del secuenciador hasta que pueden ser explotadas como datos, requiere sistematizar y automatizar las tareas procesos ligados a través de programas confeccionados al efecto. También es necesario validar el uso de algoritmos de aprendizaje utilizados en la propia explotación de los datos, para hallar asociaciones y patrones que vinculan la clasificación taxonómica y las vías metabólicas presentes con la condición clínica de los pacientes analizados. El presente trabajo encara ambas tareas. Sobre muestras de microbiomas colónicos, obtenidas del repositorio internacional NCBI (National Center of Biotechnology Information), primero describe y realiza la secuencia de procesos hasta que se obtiene la identificación taxonómica a nivel del taxón Phylum y las anotacionesfuncionales KO. A continuación, elije y evalúa algoritmos de clustering jerárquico, realiza un análisis de componentes principales y estudia la aplicación de árboles de decisión y ensambles sobre esos conjuntos de datos. Se logra entonces poner a punto el proceso de secuencias de ADN obtenidas al utilizar secuenciadores de nueva generación sobre todo el metagenoma. De esta forma se ha podido encarar una segunda etapa de análisis, actualmente en desarrollo, con muestras extraídas de pacientes autóctonos. Estos estudios, procuran avanzar y establecer en nuestro medio, la caracterización clínica del cáncer colorectal por esta vía tecnológica. Fil: Santa María, Cristóbal Raúl. Universidad Nacional de La Matanza; Argentina. Fil: López, Luis. Universidad Nacional de La Matanza; Argentina. Fil: Ávila, Laura. Universidad Nacional de La Matanza; Argentina. Fil: Cacho Mendoza, Ariel. Universidad Nacional de La Matanza; Argentina. Fil: Martínez, Pablo Witold. Universidad Nacional de La Matanza; Argentina. Fil: Otaegui, Juan Carlos. Universidad Nacional de La Matanza; Argentina. Fil: Soria, Marcelo Abel. Universidad Nacional de La Matanza; Argentina. Fil: Santa María, Victoria. Universidad Nacional de La Matanza; Argentina.
URI:	http://repositoriocyt.unlam.edu.ar/handle/123456789/2003
Aparece en las colecciones:	Investigaciones

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